SD바이오센서가 예기치 못한 세무 리스크에 직면했다. 국세청 세무조사 결과 청원공장에서 발생한 소득에 대한 세액 감면 세무처리가 잘못됐다는 지적과 함께 추징금을 부과받았다. SD바이오센서가 조세특례제한법(조특법)에 따라 감면 적용했던 세액이다. SD바이오센서는 조세 불복 절차를 거쳐 과세당국과 세무 처리 정당성을 다툴 예정이다.

SD바이오센서 지난 27일 국세청으로부터 법인세 추징금 1021억원을 부과받았다. 지난해 SD바이오센서 연결 기준 법인세비용 차감 전 순이익(1조2421억원)의 8%에 해당하는 일회성 비용이 발생했다.

중부지방국세청은 지난해 SD바이오센서를 상대로 세무조사를 진행했다. 2017~2021사업연도 법인세 내역 등을 들여다봤다. 세무조사 결과 SD바이오센서가 공장 지방 이전에 따라 감면받은 세액이 적절하지 않다고 판단해 추징금을 부과했다.


추징금 납부 기한은 6월 30일까지다. SD바이오센서는 일단 기한 내 추징금을 납부하고 불복 절차에 들어간다. 통상 기업들은 세무조사 결과 쟁점 사항이 있을 때는 국세청에 과세 전 적부심사를 신청하고, 이후 조세심판원에서 조세 심판 청구를 제기해 추징금액을 조정한다.

SD바이오센서는 청원공장에서 발생한 소득의 감면 적용에 대해 과세관청과 해석 차이가 존재한다고 밝혔다. 조특법 중 지방으로 공장을 이전한 기업에 적용하는 세액 감면 내용이다.

SD바이오센서는 2013년 경기도 수원시에 있던 공장을 충청북도 청주시(청원공장)로 이전했다. 이후 청원공장에서 발생한 소득에 세액을 감면받아 왔다. 청원공장에서는 체외진단(IVD) 제품을 생산했다.

SD바이오센서는 조세 불복과 관련한 구체적인 쟁점 사항을 공개하지는 않았다. 지난해 사업보고서에 공개된 정보로는 청원공장이 조특법상 지방 공장 이전 세액 감면 요건을 충족하고 있는 것으로 보인다.

국세청과 SD바이오센서가 해석에 이견을 가진 조항은 조특법 제63조다. 수도권 밖으로 공장을 이전하는 기업에 대한 세액 감면 등을 명시한 조항이다.

SD바이오센서 청원공장은 '공장 시설의 전부를 수도권 밖으로 대통령령으로 정하는 바에 따라 이전할 것'에 해당돼 세액 감면 요건은 충족한 것으로 보인다.

조특법은 감면 기간과 감면 세액을 구분해두고 있다. SD바이오센서 청원공장은 수도권·광역시·성장촉진지역이 아닌 청주시에 속해 공장에서 최초로 소득이 발생한 과세연도부터 7년 동안 법인세 100% 세액을 감면 신청할 수 있다. 이후 3년 동안은 법인세 50% 세액만 감면받을 수 있다.

정리하면 SD바이오센서 청원공장은 2013~2019년에는 법인세 100%, 2020~2022년에는 법인세 50% 세액을 감면 신청할 수 있다.


조특법은 세액 감면을 적용받을 수 없는 요건도 명시하고 있다. 지방으로 이전한 공장에서 생산하는 제품과 같은 제품을 생산하는 공장을 설치하거나, 기업이 영위하던 업종이 공장 이전 뒤 바뀔 경우 법인세를 다시 납부해야 한다.

또 세액을 감면받은 중소기업이 중소기업에 해당하지 않을 경우에도 해당 사유 발생일이 속하는 과세연도부터 세액을 감면받지 못한다.

SD바이오센서는 2021년부터 매출액과 자산 규모가 중소기업의 규모를 초과했다. 2021년 별도 기준 매출액은 2조8206억원, 자산총계는 3조1847억원이다. 다만 중소기업기본법 제2조 3항에 의거해 그 사유 발생연도의 다음연도부터 3년 동안은 중소기업에 해당한다.

SD바이오센서 관계자는 "청원공장에서 발생한 소득의 감면 적용에 대해 과세관청과 해석의 차이가 존재한다"며 "기한 내 해당 세액을 납부하고, 불복 절차를 진행할 계획"이라고 말했다.