삼진제약이 세무조사 이후 국세청에 납부했던 추징금을 일부 돌려받았다. 조세심판원이 삼진제약의 이의 신청을 일부 수용해 추징금을 깎아줬다. 삼진제약은 조세 심판 결과에 만족하지 않고, 행정 소송을 이어갈 방침이다. 나머지 추징금에 대해서도 과세 정당성을 다툰다.

삼진제약은 지난달 24일 과거 세무조사 결과 납부했던 추징금 35억원을 환급받았다. 2018년 12월 국세청에 납부한 세무조사 추징금 197억원(납세 고지서상 과세액) 중 일부다.

환급된 추징금은 올해 삼진제약의 일회성 이익으로 잡힌다. 손익계산서에는 법인세비용 중 세무조사 추징액 환급분으로 인식한다. 환급액은 지난해 삼진제약 연결 기준 법인세 비용 차감 전 순이익(252억원)의 14% 규모다.


삼진제약은 세무조사 이후 5년여 만에 추징금 일부를 돌려받았다. 2018년 12월 국세청에서 세무조사 결과를 통지받은 뒤, 추징금 중 이의가 있는 내용을 추려 조세심판원에 심판 청구를 신청했다. 이번 환급 결정으로 해당 추징금은 162억원으로 줄었다.

삼진제약은 이번 조세심판원의 일부 환급 결과에도 불복할 방침이다. 행정소송을 진행해 나머지 추징금 162억원도 과세 부당함을 주장할 예정이다. 구체적인 쟁점은 공개하지 않았다.

삼진제약 관계자는 "조세 심판 결과 저희가 이중과세라고 주장한 내용 중 일정 부분이 환급되기는 했지만, 추징금이 더 환급돼야 한다고 생각한다"며 "이번 환급과 별개로 행정 소송을 이어가는 중"이라고 말했다.

세무조사 추징금 관련 다툼은 2018년 서울지방국세청이 삼진제약에 세무조사 결과를 통지하면서 시작됐다. 국세청은 삼진제약의 2014~2017년 법인세 등을 들여다봤다. 세무조사 결과 추징금으로 총 418억원을 부과했다. 2018년 삼진제약이 벌어들인 별도 기준(이하 동일) 영업이익(587억원)의 71% 규모다.

삼진제약은 추징금을 두 갈래로 나눠 회계상 비용으로 처리했다. 2014~2017년 사업연도 법인세(관련 가산세와 주민세 포함) 세무조사로 추징받은 217억원은 '세무조사 추징액'으로 2018년 사업연도 법인세비용 과세분에 추가 계상했다. 2018년 삼진제약 전체 법인세비용(345억원) 중 63%가 세무조사 추징금이었다. 법인세가 늘어난 탓에 그해 당기순이익은 전년 대비 약 29% 감소한 255억원을 기록했다.

이듬해 1월 세무조사(2014~2017년) 결과 소득 귀속 불분명의 사유로 인한 대표이사 인정 상여 소득 처분에 따른 추납분 221억원은 원천 징수의무자인 삼진제약이 선납하고, 선급금으로 계상했다. 이의 신청 등 사유로 금액이 확정되지 않아 당장 비용으로 처리하지 않았다.

법인세법상 대표자 인정 상여 제도를 따랐다. 법인세법은 세법상 부당 행위를 방지하기 위해 대표자에게 과세 소득이 발생한 사실에 바탕을 두는 것이 아니라, 그러한 행위로 인정될 수 있는 일정한 사실에 대해 그 실질과 관계 없이 무조건 대표자에 대한 상여로 간주하도록 하고 있다.

삼진제약은 2019년 말 임직원(대표이사 포함) 인정 상여에 대한 추징금 총 235억원을 잡손실로 기타비용에 포함시켰다. 해당 추징금 부과에는 불복하지 않고 최종 비용 처리한 셈이다. 2018년 3억원이었던 삼진제약 기타비용은 2019년 240억원으로 증가했다. 기타비용은 당기순이익 차감 요인이다. 그해 삼진제약이 거둔 당기순이익은 전년 대비 약 52% 감소한 119억원이었다.

이번 조세 심판 결과 환급받은 추징금은 잡손실로 처리하지 않고 법인세비용으로 인식했던 비용에 속한다. 삼진제약 재무 라인을 지휘하는 조규석 경영관리 담당 부사장과 관리본부 산하 박창익 재경 담당 상무가 끌어낸 성과다. 나머지 추징금(162억원)은 행정 소송에서 기존 세무회계 처리 타당성을 입증해야 환급 받을 수 있다.