금융감독원은 셀트리온 3사가 '고의 분식회계'를 저질렀다고 판단하고, 2021년 10월 셀트리온 3사(셀트리온, 셀트리온헬스케어, 셀트리온제약)와 임직원에 검찰 고발 등 제재를 사전 통지했다. 이에 금융위원회 산하 증권선물위원회 감리위원회가 2021년 11월 시작됐다. 증권선물위원회는 2022년 3월 11일 분식회계 의혹이 제기됐던 재고자산평가손실 문제에 대해 셀트리온이 2016년 종속기업인 셀트리온제약의 외부 판매가 불가능한 재고 자산에 대해 평가손실 130억원을 인식하지 않은 사실이 있다고 판단했다. 다만 회계처리기준 위반을 중과실로 보고, 고의 분식회계는 아니라고 봤다. 셀트리온제약엔 과징금과 감사 지정 2년을 각각 의결했다. 셀트리온제약은 2022년 3월 11일 ‘금융당국 회계감리와 증선위 결정 발표에 대해 주주님께 드리는 글’을 통해 “셀트리온제약은 지난 2017년 6월부터 최근까지 57개월 동안 10개년에 이르는 재무제표를 대상으로 진행되었던 금융당국의 감리 절차에 성실히 임해왔으며, 제기된 사안에 대해 최선을 다해 소명해 왔다”며 “11일 증권선물위원회의 결정을 통해 감리 절차가 마무리되면서 장기간 회사와 관련된 금융시장의 불확실성과 금융감독당국이 일부 의견을 달리해 발생한 오해가 상당 부분 해소됐다”고 밝혔다. 이어 “다만 증선위에서 셀트리온제약의 회계처리 일부가 회계처리기준 위반에 해당한다고 판단한 부분은 바이오의약품의 특수성이나 관련 글로벌 규정 등에 대한 회계 적용 해석상의 차이에서 발생한 것으로 보이는 만큼 아쉬운 점은 있지만, 셀트리온제약은 증선위 결과를 겸허히 받아들이고 앞으로 회사의 내실을 다지는데 더욱 노력하겠다”고 말했다. 금융위원회는 2022년 3월 16일 제5차 정례 회의에서 셀트리온 등 3사에 과징금 부과를 의결했다. 이날 회의에서 셀트리온제약은 과징금 9억9210만원이 부과됐다. 3사의 과징금은 모두 130억3210만원이다. [2023.08.17] 셀트리온그룹은 투자자, 애널리스트 및 언론 대상 긴급 간담회를 열고 3사 합병 계획을 발표했다. 우선 셀트리온이 셀트리온헬스케어를 흡수 합병하고 이 후 통합 셀트리온과 셀트리온제약이 합병하는 단계적 합병 방안이다. 셀트리온과 셀트리온헬스케어는 합병 승인에 관한 이사회 결의를 거쳐 본격적인 합병 절차에 돌입했다. 두 회사의 합병기일은 2023년 12월 28일이다. 이 후 6개월 내 셀트리온제약과 합병이 추진된다. 3사합병에 따른 시너지를 바탕으로 셀트리온그룹은 2023년 연 매출 12조원을 달성한다는 계획이다.